一、营业税

《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）规定，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。

因此，母公司将土地使用权作为投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。

二、土地增值税

《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第一条规定，对于以房地产进行投资、联营的，投资、联营的一方以土地（房地产）作价入股进行投资或作为联营条件，将房地产转让到所投资、联营的企业中时，暂免征收土地增值税、对投资、联营企业将上述房地产再转让的，应征收土地增值税。

《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）第五条规定，对于以土地（房地产）作价入股进行投资或联营的，凡所投资、联营的企业从事房地产开发的，或者房地产开发企业以其建造的商品房进行投资和联营的，均不适用《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第一条暂免征收土地增值税的规定。

因此，若子公司不是从事房地产开发，母公司转让土地使用权可免征土地增值税；若子公司从事房地产开发，母公司应按《土地增值税暂行条例》以及《国家税务总局关于印发〈土地增值税宣传提纲〉的通知》（国税函发[1995]110号）第七条的规定：“（一）对取得土地或房地产使用权后，未进行开发即转让的，计算其增值额时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款，交纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金。

（二）对取得土地使用权后投入资金，将生地变为熟地转让的，计算其增值额时，允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、交纳的有关费用，和开发土地所需成本再加计开发成本的20 ％以及在转让环节缴纳的税金。”等相关规定计算缴纳土地增值税。

《税收征收管理法》第三十六规定，企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。

根据上述规定，若母公司应按规定缴纳土地增值税时，母公司按土地的成本价投资子公司，可被认定为未按独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，税务机关可合理调整应纳税额。

三、企业所得税

《企业所得税法实施细则》第十三条规定，企业所得税法第六条所称企业以非货币形式取得的收入，应当按照公允价值确定收入额。

前款所称公允价值，是指按照市场价格确定的价值。

《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函[2008]828号）第二条规定，其他改变资产所有权属的用途，因资产所有权属已发生改变而不属于内部处置资产，应按规定视同销售确定收入。

第三条规定，企业发生本通知第二条规定情形时，属于企业自制的资产，应按企业同类资产同期对外销售价格确定销售收入；属于外购的资产，可按购入时的价格确定销售收入。

根据上述规定，母公司以土地使用权投资给子公司，母公司转让土地使用权应视同销售；母公司应按购入土地的成本价投资给子公司，除非取得土地是外购的可按购入时的价格确定销售收入外，根据《企业所得税法》第四十一条的规定，关联企业间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或关联方的应税收入或者所得额的，税务机关有权按合理方法调整。

根据《企业所得税法》第八条的规定，母公司取得土地的成本、税金等费用可按规定在税前扣除。

假如母公司拟出资的土地使用权原账面余额为1000万元，现评估增值为5000万元，双方确认的公允价值也为5000万元；则企业应确认4000万元的资产转让所得，依法计缴企业所得税。

四、印花税

从2006年11月27日以后，对投资后签订有土地使用权产权转移合同的要缴纳印花税。

税率为万分之五。

《国家税务总局关于印花税若干政策的通知》财税[2006]162号：）第三条规定，对土地使用权出让合同、土地使用权转让合同按产权转移书据征收印花税。

根据上述规定，母公司投资合同涉及土地使用权转让应按“产权转移书据”贴花。

五、契税

对以国有土地使用权投资入股的行为，要按规定缴纳契税。

契税税率为3-5％。

《中华人民共和国契税暂行条例实施细则》第八条：土地、房屋权属以下列方式转移的，视同土地使用权转让、房屋买卖或者房屋赠与征税：（一）以土地、房屋权属作价投资、入股。