老板指使会计做假帐偷税漏税,该负主要的责任，承担补税罚款，若构成偷税罪也由其承担主要的责任。

会计要有证据证明老板让这样做，若能证明，会计承担次要的责任，但可能会面临行政处罚，如吊销证书等，严重的可能会一起被判刑事责任，如参与了虚假开票等。