如果该经理提前与对方公司约好，从货款中返5000元给他，那么该经理涉嫌职务侵占罪。

如果没有先前的约定，就是对方给的回扣，并且你公司没有关于拿回扣是符合公司章程等的规定，那么，该经理涉嫌商业受贿罪。

不管是哪一种，你都可以公司名义控告，起诉。