1、社会制度不同。

西藏自治区是我国少数民族聚居地设立的省级民族区域自治地方，施行的是社会主义制度；香港特别行政区是在中国行政区域内建立的一种省级行政区，施行的是资本主义制度和资本主义的生活方式。

2、自治权限不同。

西藏自治区的自治权限限于地方政府在内部事务方面，会拥有比其他省级行政区更高的自主空间；香港特别行政区的自治权限依照法律的规定享有立法权、行政管理权、独立的司法权和终审权。

3、设立背景不同。

西藏自治区设立的设立背景是1959年3月10日西藏地方政府和上层反动集团在拉萨举行武装叛乱，由周恩来总理下令解散西藏地方政府，由西藏自治区筹备委员会行使西藏地方政权职权。

最终中央人民政府和西藏自治区筹委会为了顺应西藏人民的愿望，而设立的。

香港特别行政区设立的背景来源于《中华人民共和国香港特别行政区基本法》和《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》，是为了以和平方式解决历史遗留下来的香港问题而设立的。

扩展资料：

香港特别行政区的特点：

1、在一个相当的时期内，保持原有的资本主义社会经济制度和生活方式，不实行社会主义制度和政策。

2、特别行政区行使的权力不同于普通地方机关和民族自治地方的自治机关。

3、特别行政区的事务由当地人进行管理。

即特别行政区的政权机关由当地人组成，中央人民政府不派遣干部到特别行政区担任公职。

4、特别行政区是国家中的一个行政单位，而不是一个独立的政治实体，也不是联邦制国家中的成员国。

参考资料来源：百度百科-西藏自治区

参考资料来源：百度百科-特别行政区